近日，信息科学与工程学院孙晓勇教授团队在《Plant Physiology and Biochemistry》在线发表了题为“Intron-capture RNA-seq reveals the landscape of intronic RNAs in Arabidopsis”的研究论文。信息科学与工程学院在读硕士研究生李晗为本文第一作者，孙晓勇教授为本文通讯作者，南京农业大学赵弘巍教授为并列通讯作者。
内含子是真核生物产生成熟mRNA的过程中被剪切掉的部分，会迅速降解，因此，内含子RNA一直被认为是“垃圾”序列，许多调控内含子RNA在学术界也被完全忽视。近些年的研究发现内含子RNA是一类新的非编码RNA，在生物过程中起着重要的作用。然而，内含子RNA的表达水平与覆盖率低，全基因组测序并不能很好地实现内含子RNA的检测。为提高检测效率，研究内含子RNA的动态表达，该团队提出了一种新的捕获测序技术，即Intron-capture RNA-seq。
Intron-capture RNA-seq方法第一次清晰地扑捉到了内含子的精细表达，加深了学术界对非编码RNA的认知。发现了三种具有不同GC模式的内含子RNA：全内含子RNA，外显子-内含子RNA和部分内含子RNA；检测到了许多隐藏的元素，包括环状的内含子RNA，剪接位点以及以往被忽视的转录本；探明了内含子RNA的表达在病原体感染过程中会随着时间的推移产生不同的反应；证明了内含子RNA的保守性，大多数内含子RNA在拟南芥和水稻中都可以检测到，并且具有相似的表达模式。该研究为内含子RNA的分析提供了一个有效策略，揭示了内含子RNA的表达特征，为探索这些重要但容易被忽视的分子提供了一个新的切入点。
图1. Intron-capture RNA-seq与total RNA-seq和mRNA-seq的比较
该研究得到了国家自然科学基金面上项目的资助，集团超级计算中心提供了算力支持。
论文链接：https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2023.01.040
编 辑：万 千
审 核：贾 波
