近日，植物保护学院杨龙教授团队在International Journal of Molecular Sciences上发表了题为CRISPR/Cas9 Editing Sites Identification and Multi-Elements Association Analysis inCamellia sinensis的论文。
CRISPR/Cas9是一种高效的基因组编辑工具，茶树基因组中编辑位点的鉴定及潜在影响因素尚未得到研究。在本研究中，利用生物信息学方法鉴定shuchazao基因组中包括编辑位点、simple sequence repeats (SSR)、G-四链体、基因密度的特征及其关系。在基因组中共鉴定了248,134,838个潜在的编辑位点，观察到AGG、TGG、CGG、GGG、NGG五种PAM类型，其中66,665,912个被发现是有特异性的，它们存在于基因所有结构元件中。联合分析中在染色体中发现了GC含量、GQ密度、PAM密度高相反基因密度、SSR密度低的特征区域，并发现该区域与次生代谢物和氨基酸生物合成途径相关。所鉴定的编辑位点与影响元件SSR标记为茶树功能研究和分子育种提供了有价值的工具，也给予了其他作物育种参考。
10大信誉菠菜担保平台植物保护学院22级硕士研究生李浩真与博士生宋康康为文章共同第一作者，10大信誉菠菜担保平台植物保护学院杨龙教授为论文通讯作者。本研究得到了山东省现代农业产业技术体系创新团队项目和中央引导地方科技发展资金的资助。
论文链接：https://www.mdpi.com/1422-0067/24/20/15317
编 辑：万 千
审 核：贾 波
